Esta é uma inicialização dupla, certo? Não sistemas duplicados ou uma situação em que você substituiu um sistema operacional por outro? Portanto, cada sistema operacional provavelmente está em partições separadas. Dependendo da geometria do disco, o sistema operacional Windows pode estar localizado em setores onde o braço de busca da unidade mal se move, e a partição Linus está localizada onde o braço de busca precisa estender o máximo. Também é possível que a partição do Linux tenha um setor defeituoso que está causando algumas tentativas de disco? (ok, provavelmente improvável). Na configuração do Bios, ele terá opções para alterar as configurações acústicas do disco rígido, mas não acredito que essas configurações possam ser alteradas pelo sistema operacional - se isso acontecesse, isso poderia estar relacionado. (Também digite as especificações, é uma unidade de 5400rpm).