Eu resolvi meu problema agora, com alguma ajuda dessa postagem stackoverflow resposta how-to-enable-processo-controle-extensão-pcntl-in-php-mamp .
Primeiro, mudei para o diretório de origem da extensão pcntl /src/php-5.3.17-cli/ext/pcntl
.
Lá eu corri os seguintes comandos no shell:
phpize
./configure
make
Em seguida, a extensão foi criada em /src/php-5.3.17-cli/ext/pcntl/modules
e eu copiei no diretório correto com cp /src/php-5.3.17-cli/ext/pcntl/module/pcntl.so /usr/lib/php5/20090626/
.
Agora a extensão funciona para minha instalação do php-cli.
Obrigado @terdon pela sua resposta, isso me empurrou um pouco na direção certa.