Acontece que esta unidade tem 2 partições e o Windows estava apenas verificando uma delas.
Parece que o problema é que ele está executando um chkdsk na outra partição.
O que é estranho é que o fã não respondeu antes e agora é.
Então lá vai você, se você tiver um problema como este com um disco rígido novo, certifique-se de verificar todas as partições!
Não aceitarei minha resposta até ter 100% de certeza de que o problema foi resolvido
Edit: Não há problemas desde a execução do chkdsk na 2ª partição, portanto, dias felizes!