Navegação na Sexta edição do PDF Reference (2006) , parece que os arquivos em PDF não tem uma soma de verificação geral, embora os arquivos incorporados dentro do PDF (semelhante a anexos em uma mensagem de e-mail) possam, opcionalmente, ter um hash MD5.
Portanto, você deve arquivar seus PDFs em um contêiner que suporte a detecção / correção de erros. Por exemplo, um arquivo zip ou mídia ótica (CD-R, etc.).