O TotalCommander pode fazer isso, como Mick disse.
Quando você tiver dois painéis abertos, selecione Commands
- > %código%.
Elenãoéexibidoestritamentecomoumaárvore(semnósderecolhimento),maspermiteselecionaritensindividuais.Clicarcomobotãodireitoemumapastapermiteaseleção(de)emmassa.
Agora, selecione Synchronise Directories option
para o conteúdo dos diretórios a serem verificados, pronto para (de) seleção.
Observe que na última captura de tela eu escolhi apenas para Compare
a Seta Verde, o que significa que apenas os itens à esquerda e não à direita serão exibidos.
O FreeFileSync está quase lá, mas não é ideal para essa tarefa (pelo menos para mim) por dois motivos, pois remove arquivos / pastas da exibição imediatamente quando você os desmarca para sincronização.