Os arquivos de script em /etc/update-motd.d
geram o arquivo /var/run/motd.dynamic
que você identificou como contendo seu MOTD.
Uma maneira simplista de parar de gerar esse arquivo seria tornar todos os scripts não executáveis com:
chmod -x /etc/update-motd.d/*
Nota: Informações obtidas de esta resposta por heemail .