Em suma, o malware pode danificar seu sistema no caso de arquivos aos quais ele tem acesso no nível de permissões. Para executar códigos não confiáveis no vinho, é recomendável usar um método de sandboxing / containment como lxc ou chroot.
Outros estão certos ao sugerir que você provavelmente não encontrará muitos malwares Windows que ainda serão eficazes em vinhos, mas não é impossível (o que é uma das poucas razões pelas quais o pessoal da WineHQ não recomenda que corra vinho raiz.
Se você estiver executando conteúdo pirateado em particular, ou algo questionável, provavelmente vale a pena pelo menos configurar um ambiente chroot ou lxc. Se você não o fizer, no entanto, eu provavelmente não terei a chance de esfregar na sua cara.