Já que ninguém fez uma resposta do comentário "Apenas use svg", eu farei isso. Isso resolveu meu problema, mesmo que não resolvesse o problema como foi feito.
Eu criei um PDF enorme (7 GB) em R, e agora cada combinação de computador / programa eu tento abri-lo com craps. Eu nem sei porque o arquivo inteiro se encaixa facilmente na RAM em mais de uma das máquinas que usei.
Eu testei o Adobe Reader no Windows e no OS X, e também o QuickLook e o Preview no os x; isso foi em máquinas com até 16 GB de ram cada, mas toda vez que o sistema operacional ou aplicativo falha.
Eu posso obter facilmente uma máquina com Windows 8, Ubuntu (qualquer versão) ou OS X 10.8-10.9, conforme necessário.
Estou bastante confiante de que o arquivo é bom, criei outros arquivos da mesma forma, mas com conjuntos de dados menores e esses arquivos abertos bem.
Infelizmente eu não acho que posso dividir o arquivo, pois é apenas um grande enredo, então há apenas uma página no PDF e eu não sei de nenhuma maneira de dividi-lo sem abri-lo. E gerar muitos PDFs a partir de partes menores dos dados de entrada não é uma opção para mim, já que eu deveria estar encontrando um programa que pudesse plotar conjuntos de dados arbitrariamente grandes. Bem, R conseguiu plotar os dados (a trama é visível enquanto a sessão R ainda está sendo executada), mas a versão salva da saída é praticamente inutilizável.EDIT: Então o SVG acabou sendo apenas 260MB. Eu estou supondo que o R faz pdfs realmente ineficientes que simplesmente não é um problema com conjuntos de dados menores. O SVG é um pouco lento para abrir, mas ele abre e é tudo que eu precisava, obrigado a todos.
Se a primeira pessoa a sugerir um SVG quiser enviar essa resposta como resposta, aceitarei.
Como @ gbc921, você deve tentar converter o arquivo para outro formato de arquivo que possa ser um pouco mais fácil em seu sistema. PDFs não são o caminho a percorrer com arquivos grandes. O formato TXT pode ser bom se você estiver trabalhando apenas com texto, mas não conheço uma alternativa para imagens. Outra coisa a fazer é manter o arquivo fora do disco rígido do seu computador para que não demore para ler o arquivo, mas sim em uma unidade flash que usa armazenamento flash e pode ser mais fácil de carregar mais rápido. Por último, eu consideraria desligar todos os programas que você não está usando durante a visualização / edição do pdf. Você pode usar o gerenciador de tarefas no Windows, não sei a função no OS X. Verifique se há brilho na tela e outras opções de economia de desempenho para que o computador não trave.
Espero que isso ajude.