Existem 2 métodos que você pode seguir.
Para manipulação padrão, como lançar atualizações em um WIM já construído e capturado, você deve tentar usar o DISM
Tutorial do DISM
A outra alternativa é se você precisa fazer não apenas atualizações, mas possivelmente alterar o software instalado (imagem espessa). Se esse for o caso, então o que eu faço é criar minha instalação inicial do Windows em uma VM e obtê-la perfeito. Em seguida, desligue o vm, copie-o para outro lugar (para backup) e sysprep / capture o novo wim. Então, se você precisa fazer mudanças, você tem o copiado, que não foi sysprepped. Repetir. Eu reconstruo a imagem completamente uma vez a cada 4-8 meses, apenas para ter certeza de que ela seja a mais limpa possível.
Você está usando o MDT 2012? Olhe para ele ... é incrível.