Não sei se você entendeu direito as coisas. Aqui está minha opinião sobre os termos 3 em laymans.
Pontos de junção são o recurso original do HPFS (anterior ao NTFS) e são semelhantes aos Hard Links.
Hard Links só podem ser feitos entre pastas na mesma unidade e o link é idêntico ao original. Ou seja, se você excluir o link, excluiu o original.
Os Soft Links são definidos mais acima no SO e requerem melhor suporte de software, pelo menos no Windows. A exclusão de um link temporário deixará o original no lugar.
O mais transparente para os aplicativos é provavelmente os Junction Points, seguidos pelos Hard Links e, por último, pelos soft links.
Em qualquer caso, você ainda precisa ser cauteloso sobre como os aplicativos e o sistema operacional interagem com arquivos vinculados (não deve ser tão ruim com pastas vinculadas). Dado que o Windows não está acima de fazer alguma corrupção desagradável de seus arquivos, ligando pastas faz as coisas um pouco piores. Você também precisa estar ciente do que acontece ao fazer cópias e backups usando software que talvez não compreenda totalmente seus links. Por exemplo, ao fazer o backup das pastas originais e vinculadas, você provavelmente desejará excluir o local vinculado ou desejar a opção para fazer backup (e restaurar adequadamente) o link e não uma cópia do arquivo.
Embora os links sejam muito comuns no UNIX, como os sistemas operacionais, eles não são tão comuns no Windows e, portanto, têm suporte desigual como você já viu. De fato, tão fragmentada que muitas vezes a própria Microsoft não as usa, mas sim mexendo no registro para criar pseudo-links (veja a documentação da Biblioteca no Windows).
Espero que isso esclareça! Se não, deixe um comentário e eu tentarei atualizar.