Se a solução puder custar alguma coisa, você pode usar um hub usb conectado à rede local (como digi em qualquer lugar de www.digi.com . Você pode anexar quaisquer dispositivos usb pela lan (até mesmo smartcards e dongles) ao servidor. O driver enviado se comporta como uma porta usb real.
Fizemos boas experiências com a solução digi, mas há outras mais baratas que prometem a mesma funcionalidade. Verifique antes se o driver é adequado para o sistema operacional do servidor.