Half-Answer: Para o T-SQL (variante do microsoft) você pode usar a biblioteca T-SQL Formatter do homem pobre, por exemplo, procure no link . Se você precisar executá-lo a partir da linha de comando, o formatador da linha de comando precisará ser aprimorado para suportar a opção "minify".
Por outro lado, eu não acho que a variante do MySQL do SQL é particularmente bem tratada (eu nunca passei algum tempo testando isso) já que esta biblioteca de formatadores está firmemente focada no T-SQL, então isso provavelmente seria um processo não confiável.
Você pode querer dar uma chance, você nunca sabe, seu código pode ser simples o suficiente para funcionar de maneira confiável!