O cliente FTP padrão do BSD que o Windows ainda inclui deve ser capaz de lidar com isso.
Você precisará anotar em um arquivo de texto todos os comandos ftp que serão necessários com um comando por cada linha.
Exemplo:
open myftp.com
user
password
Em seguida, você pode digitar um comando para cd para qualquer diretório que você deseja conter os backups e fazer o upload do arquivo com o comando put.
Continuando assim o exemplo acima.
cd backups/full
put full-backup.bak
quit
Em seguida, basta ter o comando ftp -s: script executado sempre que você quiser fazer um backup.
Espero que isso ajude.