O que você precisa é a nova verificação do NTFS clusters .
chkdsk /b
NTFS only: Clears the list of bad clusters on the volume and rescans all allocated and free clusters for errors. /b includes the functionality of /r. Use this parameter after imaging a volume to a new hard disk drive.
citado de Microsoft Technet
Um sector é a unidade atômica do disco físico. Um cluster é a unidade atômica do NTFS. Quando um setor defeituoso é encontrado (por exemplo, usando chkdsk /r ), todo o cluster (s) encontrado no setor é marcado como defeituoso. Então, o rescan dos clusters é necessário.