Eu sei que essa pergunta é meio antiga, mas mesmo assim:
Consegui extrair objetos do u3d com pdf-parser.py .
pdf-parser.py -t /3D input.pdf
fornece a (s) ID (s) do objeto. Então use
pdf-parser.py -o $ID -d output.u3d input.pdf
para extrair o objeto fornecido. O pypy BTW melhora significativamente a velocidade sobre o cpython.
Se alguém encontrar uma maneira de converter o arquivo u3d em algo utilizável, responda.