Além de esses aplicativos honrarem as "Configurações de proxy do sistema", não.
a maneira de coagi-los, seria fazer uso de redirecionamentos de proxy transparentes no gateway, mas esse é um assunto diferente.
A razão pela qual o aplicativo do Windows pode honrar as configurações do sistema é que eles "usualmente" fazem uso das APIs do Windows para HTTP / etc. e eles honrarão as configurações de proxy do sistema por meio das APIs do Windows.
No MacOSX, que é baseado em * BSD, as configurações de proxy são basicamente apenas uma configuração, já que os aplicativos têm acesso direto à rede / soquete.
Sim, eu sei, é doloroso verificar cada aplicativo no MacOSX.