Algumas implementações funcionam melhor com algumas placas gráficas - e a melhor maneira de descobrir qual delas é melhor é procurar essa placa gráfica específica.
Em cima da minha cabeça no Windows 7 e mais antigas implementações intel IGP, o codec DXVA embutido no Windows funcionou melhor, caso contrário eu usei o ffdshow. Neste caso específico, não deve haver diferença. Sugiro usar o padrão, a menos que haja um problema específico com um deles. As diferenças em qualquer caso devem ser menores.