Acho que abusar dos alias de endereços dos remetentes para ajudar na filtragem é inútil. Você nunca sabe o que uma nova versão de um cliente de e-mail fará para canonizar a nomenclatura do remetente.
Sugestão:
Prefira ou sufoque o assunto original ou o texto do corpo com algo como [[[project number - project name]]]
, de modo que seja impossível ou, pelo menos, improvável que essa meta-informação faça parte da mensagem original.
Isso é o que a maioria das soluções de bilhética do helpdesk faz para poder correlacionar e-mails.