Você já tentou inicializar seu atalho de outra maneira? Você pode definir uma nova chave no caminho seguinte no regedit:
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
(o mesmo caminho que você pode usar no HKLU se quiser que seu usuário inicie automaticamente o seu aplicativo), ou você pode usar o Agendador de Tarefas do Windows, adicionando uma nova tarefa que é executada na inicialização do sistema. Se você tentar uma dessas sugestões, não use o seu shutcut, obtenha o caminho que o seu shutcurt aponta e cole diretamente no regedit ou no agendador de tarefas.