Eu tenho uma unidade USB externa de Western Digital de 2 TB que gravei em FAT32. Leva um minuto e 25 segundos para o Windows reconhecê-lo quando eu conectá-lo. Eu tentei vários computadores. Leva apenas cerca de 14 segundos no Linux. Parece que a Microsoft tem problemas com isso. XBOX 360 se comporta da mesma maneira, enquanto o Playstation 3 funciona bem. Talvez eu deva fazer duas partições de 1TB? Não tenho certeza, mas acho que o problema não estava lá antes de formatado no FAT32.
De acordo com a minha experiência, o sistema operacional da Microsoft é uma das razões. Isso significa que o Windows leva tempo para carregar a partição FAT32. Em vez de este LINUX & O OSX possui utilitários poderosos para acessar esse disco externo. Então, eu recomendo que você use seu disco rígido externo com partições NTFS.
Eu não usaria o FAT em partições tão grandes. O Linux pode ler e gravar NTFS bem hoje em dia, se você usar o driver ntfs3g, e existem aplicativos para acessar partições EXT3 no Windows.
Então eu usaria NTFS, ou possivelmente EXT3. O NTFS oferece uma condução mais suave se você precisar acessar o disco tanto do Windows quanto do Linux, enquanto que o EXT3 é mais difícil de quebrar devido ao registro no diário.