O Avidemux deve fazer isso sem problemas, qual você está usando?
Experimente o build mais recente do MuldeR do SVN, nunca tive um problema de áudio não sincronizado com isso.
De qualquer forma, como o contêiner é mp4 mp4box pode ser útil. Eu sugiro que você use a compilação de desenvolvimento mais recente (0.4.6 no momento da escrita). Se você precisa de um frontend GUI para ele, dê uma olhada no YAMB ou Minha GUI do MP4box .
Eu não me importo com o contêiner, sugiro Matroska (é bastante flexível, escalável e adiciona pouca sobrecarga como um contêiner). Use MKVToolnix se você decidir usar aquele container.