As configurações em /etc/security/limits.conf não estão funcionando dentro do chroot porque não há nenhum programa usando pam_limits para defini-las. Eles funcionam quando você usa o sudo, porque a configuração do PAM do sudo chama pam_limits.
A resposta óbvia é chamar algo dentro do chroot que usa pam_limits, como "su", como eles dizem aqui: link (embora você tenha que descomentar a linha que usa pam_limits em /etc/pam.d/su, porque ela vem comentada por padrão).
Ou seja, assumindo que seu diretório chroot é / srv / chroot, e você quer executar / usr / bin / python, você poderia tentar algo assim:
sudo chroot /srv/chroot su testuser /usr/bin/python
Acho que o sudo também funcionará:
sudo chroot /srv/chroot sudo -u testuser /usr/bin/python
Mas eu só posso falar por "su", que é o que eu uso em um caso como este. Por favor, tente e diga se funcionou para você.