Eu tive um problema semelhante e descobri que ele estava relacionado às configurações do Pulse Audio. Existem várias maneiras de ajustá-las, mas a que usei e que funcionou muito bem foi instalar um utilitário gui chamado pavucontrol (PulseAudio Volume Control)
sudo apt-get install pavucontrol
Este aplicativo oferece muito mais controle do que o controle de volume padrão na bandeja do sistema, incluindo a capacidade de aumentar o volume acima de "100%".