Neste pdf, por exemplo: link você pode encontrar informações sobre" Reset e Outros Sinais "na página 89.
Você pode ver que a CPU tem um pino "RESET #", que redefine a plataforma e é acionado pelo Platform Controller Hub (PCH), que eu acho que é basicamente o chipset. ( link )
Pode ser possível que a sua placa-mãe realize um POST (Power-On-Self-Test) mais completo após o botão reset ter sido pressionado, portanto a inicialização levará mais tempo.
O que exatamente leva mais tempo? A tela de carregamento do Windows ou as operações do BIOS antes disso?