Não há noção 'real' de "entre o sistema operacional e o hipervisor". O hipervisor não é nada além de uma emulação de hardware otimizada de uma plataforma de PC genérica.
Existe a opção de configurar o hipervisor para colocar limitações no sistema operacional Guest. Ou, Você poderia monitorar a memória / CPU e desempenho geral usando perfmon . Qualquer coisa além disso seria o mesmo que tentar monitorar o desempenho de um kernel no espaço do usuário. Difícil, se não impossível.