A manipulação manual em torno de um PDF é garantida como falha (a menos que você realmente saiba o que está fazendo e como fazê-lo).
Se a versão atual do Acrobat (Reader) não for capaz de corrigir o problema, você pode tentar colocar as mãos no Acrobat / Reader 7 ou até mais antigo; versões mais antigas do Acrobat / Reader fizeram mais tentativas de reparar documentos confusos do que os mais recentes.
Caso contrário ... as chances são pequenas de que você possa consertar isso.