Eu tive o mesmo problema ao instalar o Kali Linux a partir do USB. Eu tentei instalar o sistema operacional com a instalação gráfica e a instalação simples. Este último trabalhou sem erro. Foi direto para a tela "instalando o sistema".
Eu encontrei algumas informações sobre o USB Stick pode ser ruim. Para algumas pessoas, mudar o stick USB ajudou. Não ajudou em nada para mim. Eu recebi o mesmo erro com 3 USB Sticks e um HDD com espaço de 2 TB, com uma partição de inicialização de 100 GB.