Como o Russain "Pax" sugeriu, é provavelmente o firmware do disco, ou algo parecido. O USB 3 é mais rápido, sim, mas a velocidade máxima alcançada pelo disco é a velocidade máxima que eles viram nos testes. Não significa que é sustentável. Copiar muitos arquivos pequenos é uma dor, porque é mais "meta-operações" para executar antes e depois da operação de cópia real ocorrer. Tal evento certamente fará com que sua unidade diminua a velocidade.
Mesmo se você estiver lidando apenas com arquivos grandes, os discos rígidos são estranhos. Às vezes, o firmware de armazenamento em cache na unidade é mal escrito e, assim, quando você o conecta pela primeira vez, os dados podem voar em velocidade recorde, mas à medida que a unidade continua a ser usada, ela diminui cada vez mais.