Existe uma chave de configuração para o Metacity / Mutter que permite desabilitar o foco em novas janelas lançadas de um terminal.
No Fedora 19 eu encontrei isso instalando dconf-editor
e localizando a chave em
org/gnome/desktop/wm/preferences/focus-new-windows
Configurar essa chave de smart
para strict
deve funcionar. Você pode encontrar uma chave semelhante em gonf-editor
e um caminho diferente com outro sistema.