Ter escrito um pouco do plugin mysql_ pode atestar ter substituído muitos dos plugins de propósito único de munin. No link acima, há um exemplo documentado do que você quer:
[mysql_replication]
env.slave_io_running_warning 0.5
env.slave_sql_running_warning 0.5
env.seconds_behind_master_warning 300
env.seconds_behind_master_critical 600