Você pode gravá-lo em um arquivo de script e redirecionar a saída para o arquivo desejado
por exemplo: echo "MyFile.exe -args" > file.sh
tente executar o arquivo de script e mova a saída e o erro de um arquivo para o arquivo de texto que você precisa
ie) arquivo sh.sh > foo.txt 2 > & 1
Isso vai funcionar! e irá gravar a saída, assim como o erro do arquivo executável (arquivo .exe) no arquivo de texto separado.