Avery,
Não tenho certeza se você resolveu isso ainda ou não, mas pensei em adicionar algo.
O Time Machine não faz backup de hora em hora, faz backup quando há algo para fazer o backup. Se você não usar o computador por 5 horas, nada será feito durante esse tempo - não há nada para fazer backup! Mas, enquanto você está usando - baixando e-mails, criando / editando documentos, sincronizando fotos, instalando aplicativos, etc. - você está mudando os dados no sistema e o Time Machine reconhece isso e faz o backup "em breve". Já vi casos em que criei um novo arquivo e, em cinco minutos, o backup foi feito.
Então você não precisa fazer o backup manualmente, especialmente porque ele vai contra um dos principais pontos de venda do Time Machine (ligue-o e esqueça!).
Descobri que, ocasionalmente, o Time Machine "perde" o volume de backup. Então, eu removo o disco de backup e, em seguida, o re-seleciono. Isso já funcionou antes.
Em geral, o volume de backup deve aparecer / desaparecer quando estiver sendo usado ativamente ou não estiver em uso no momento. Presumivelmente, isso é para impedir que os usuários o utilizem acidentalmente como um dispositivo de backup normal.
Outras considerações: qual versão do sistema operacional você está usando atualmente? Você fez o upgrade para o Mountain Lion? Você já considerou um Time Capsule (legal porque você não precisa constantemente conectar sua unidade externa e usar uma porta USB preciosa).
Se essas sugestões não funcionarem, eu consideraria formatar o disco e reiniciar a configuração do Time Machine.