Suponho que haja um problema com uma das bibliotecas com as quais o binário pdfotext está vinculado. Você precisa fazer:
$ ldd ./pdftotext
para verificar se o arquivo tem alguns problemas com bibliotecas.
Se não for um executável dinâmico, provavelmente é um script. Quando você tenta executar o script e obter uma mensagem "nenhum arquivo ou diretório", isso pode significar que o interpretador especificado na primeira linha do script não existe.