Não, os dados e configurações não serão apagados. Você pode configurá-lo para que o novo computador possa copiar os dados do iPhone e reutilizá-los quando você os conectar.
Dito isto, não há necessidade de transferir os dados de backup do iphone para o novo iTunes. Basta formatar, reconectar, escolher as opções necessárias para copiar os dados do iPhone para o com reformatado e voila! Você está pronto para ir.
Uma coisa: a música deve ser copiada do antigo iTunes para o novo iTunes. O resto não é necessário.