É bastante estúpido não poder postar comentários na postagem original, já que criar uma resposta para solicitar informações extras não é a maneira correta de fazer isso.
Eu nunca modifiquei atalhos usando um editor de texto, apenas cliquei com o botão direito e selecionei as propriedades. Tente abrir as propriedades do atalho e clique em "Alterar ícone".
Suponho que você possa estar tendo este problema, pois há vários ícones no seu arquivo ICO, portanto, é necessário especificar qual deles usar adicionando ", 1" depois dele. Eu não estou completamente certo sobre como isso funciona.