Verifique novamente as configurações da seqüência de inicialização na configuração da sua BIOS. "CDROM" e "USB-CDROM" são frequentemente opções separadas, e "CDROM" simples usará apenas PATA e SATA. (aplica-se a todas as unidades de disco óptico)
Eu tenho as mesmas configurações para os disquetes, "FLOPPY" e "USB-FLOPPY". Minha unidade de disquete externa não é inicializável, a menos que eu diga ao BIOS (ou menu de inicialização F12) para usar "USB-FLOPPY".