Eles parecem pausas muito longas. Sem olhar para o Procmon, só pode haver especulação.
Você deve usar o Procmon, pois é impossível dizer o que está acontecendo. O Gerenciador de Tarefas só pode informar os sintomas. O que precisamos são as chamadas do kernel, especialmente as chamadas cacheman.
Como você mesmo disse, meu palpite inicial é também quando o Windows faz uma chamada de cache flush no final de um arquivo.
Usando o Procmon, normalmente você pode ver a chamada flush. Se você registrar eventos a partir do processo do Sistema, poderá ver o driver do Sistema de Arquivos fazer uma chamada do FlushBuffers.