No Synergy, é possível configurar sua configuração para que você tenha um servidor e um cliente, ambos com monitores duplos, mas a máquina cliente tem seus monitores de tal forma que um está à esquerda do monitor esquerdo do servidor e o outro está à direita do monitor direito do servidor? Por exemplo:
+----------+ +----------+ +----------+ +----------+
| client | | server | | server | | client |
| screen1 | | screen1 | | screen2 | | screen2 |
+----------+ +----------+ +----------+ +----------+
Espero que meu ASCII seja bom o suficiente para entender. Ambas as máquinas estarão executando o Linux. Se há uma maneira de fazer isso mexendo com as configurações do xorg, isso também seria perfeitamente aceitável.
Não tenho certeza se estou entendendo o que você está pedindo. O Synergy permite que você mova a entrada do mouse e do teclado para um PC separado, independentemente de onde os monitores desse computador estejam localizados.
Se você quiser configurar suas telas como mencionado acima, basta mover os monitores para esses locais.
Desculpas se eu estiver completamente ausente do ponto.
Esta funcionalidade não estará disponível de forma intuitiva até que a configuração por monitor com ocorrências de bordas irregulares no Synergy 2.1 (2.0 ainda esteja em beta no momento da escrita, sete anos após o OP).
Você deve ser capaz de fingir isso.
Para seu caso de uso específico, coloque a tela do cliente 1 à direita da tela do cliente 2 no xorg e, em seguida, configure a sinergia para envolver o cliente na esquerda e na direita do servidor.