Eu resolvi esse problema usando o documento latex
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
A primeira instrução ativa a codificação de T1
e a segunda permite o uso de fontes de látex modernas.
Eu mesmo estava usando (somente) a primeira instrução o tempo todo (o que não corrigiu esse problema por si só), mas adicionar a segunda instrução corrigiu e o documento do Word salvo do Acrobat Pro (X no meu caso) foi exibido corretamente.
Veja as respostas neste link pergunta para mais detalhes.