Muitos BIOS são exigentes quanto ao tipo de inicialização que eles permitem para o USB. Você poderia tentar usar um gerenciador de inicialização diferente e / ou PBR para ver se isso ajuda nas coisas.
Se você definir o USB para emulação de disquete, por exemplo, tente configurá-lo para emulação de disco rígido. Provavelmente, a melhor ferramenta para isso é BootIce .