Eu não acho que você tenha um problema com o HDD sendo conectado via USB. O problema é que a instalação do Windows nesse HDD tem todos os drivers e configurações de hardware da placa-mãe antiga e não funcionará com a nova.
Se você tiver muita sorte, um reparo do Windows pode funcionar, mas pode ser a filmagem longa. Eu recomendo strongmente que você faça backup de seus dados importantes e faça uma instalação limpa do Windows