Recentemente, tive o mesmo problema depois de criar algumas novas partições, fazendo com que o Windows 7 mudasse de sda1 para sda2 .
Acontece que o Windows é um verdadeiro Teste de Inteligência Negra da Homogeneidade Cultural sobre isso. Meu sangue ferve apenas lembrando daquelas horas que eu desperdicei.
Eu bootsect.exe'd e bootrec.exe tinha tudo que eu queria, mas quando finalmente removi a partição antes da partição do Windows, para que as partições fossem reordenadas, o Windows inicializou novamente.
Você também pode consertar isso com um procedimento muito perigoso em que você troca manualmente as partições na tabela de partições usando o fdisk, para que elas sejam listadas em uma ordem diferente da que estão fisicamente no disco.
O Windows realmente faz isso de propósito para punir você por mexer em uma instalação do Windows em funcionamento.