Eu descobri que a melhor maneira de codificar especificamente para o WMV é usar o Codificador de Expressão
Existem 3 versões, uma das quais é gratuita, veja a tabela de comparação no link acima para detalhes.
Todos os três importarão o QuickTime se ele estiver instalado.
Eu usei todas as três edições em vários momentos e as predefinições internas as tornam as melhores para a conversão de WMV em minha experiência.
Comoumaparte,noentanto,minhapreferênciaécodificarparax264emumcontêinerMP4ouMKVeparaissoeuuso MeGui (open source), que tem um fluxo de trabalho um pouco complexo, mas os resultados são excelentes.