Se você escolher só habilitar seu usuário para usar essa rede wifi , a senha do wifi será armazenada no gnome keyring do seu usuário atual.
Se você permitir que cada um use essa conexão Wi-Fi, a senha será armazenada no arquivo que você mencionou.
Você também pode alterar manualmente onde essa senha é armazenada nas configurações do gerenciador de rede para essa rede Wi-Fi, guia de segurança, clicar no ícone de seta verde + hdd no campo de senha e fazer sua escolha.