Além da @tjennings 'resposta , uma grande diferença é que o código nativo de 32 bits não é executado uma instância de 64 bits do Internet Explorer, devido a falta de thunking em processo no Windows (consulte também < href="https://en.wikipedia.org/wiki/Thunk_%28compatibility_mapping%29"> thunk e o fato de que, por exemplo, as extensões MSIE são executadas no processo MSIE. Citando Perguntas e respostas: Internet Explorer de 64 bits no blog (Internals) IE Internals de meados de 2009 (ênfase minha):
Q: Why? What does not work properly with 64bit IE?
A: Browser addons, including BHOs, Toolbars, and ActiveX controls, must generally be the same bitness as IE itself. So, if you are running a 64bit version of IE, any site that uses, say, Adobe Flash, isn't going to work until you install the 64bit version of the addon. Sadly, almost no browser addons are currently available in 64bit versions, although that's somewhat likely to change in the future as 64bit Windows becomes more prevalent.
A situação de disponibilidade de software provavelmente melhorou nos anos desde que esse post do blog foi escrito, mas a razão técnica pela qual é um problema, em primeiro lugar, permanece.