Na verdade, mesmo se você encontrar um servidor baseado em NTP atômico (eu não acho que exista) o protocolo NTP não é tão preciso que sua máquina terá a mesma precisão que o relógio atômico. Como wikipedia diz:
NTP uses Marzullo's algorithm, and includes support for features such as leap seconds. NTPv4 can usually maintain time to within 10 milliseconds (1/100 s) over the public Internet, and can achieve accuracies of 200 microseconds (1/5000 s) or better in local area networks under ideal conditions.
Um Relógio atômico tem uma maior taxa de acurácia que o NTP:
As agências nacionais de normas mantêm uma precisão de 10 a 9 segundos por dia (aproximadamente 1 parte em 1014) e uma precisão definida pelo transmissor de rádio que bombeia a radiação.