Claro que importa. Mesmo em tamanhos projetados menores, a resolução faz uma enorme diferença.
O vídeo HD tem entre 1 e 2 milhões de pixels; se o projetor não exibir todos eles, haverá perda de qualidade de vídeo. Além disso, dependendo da distância da imagem e do tamanho da imagem, você pode realmente ver os pixels no local da projeção. Um projetor 1280x800 exibirá todos os pixels do vídeo 720p. Um projetor de 800x600 exibirá menos da metade deles.
A uma distância de 20 pés, posso ver facilmente a diferença entre 720p e 1080p em uma tela de 50 "e em uma grande superfície de projeção (digamos 150" +), posso ver os pixels individuais de um projetor 1080p. Mais pixels é melhor.