Eu faço o remapeamento em todo o sistema através da modificação do registro descrita no link .
Na mesma página, há também uma solução AutoHotkey .
Você pode limitar o escopo dos remapeadores do AutoHotkey como este, o que deve (não testado!) limitar-se às janelas do console do Windows:
#IfWinActive ahk_class ConsoleWindowClass
CapsLock::
...
Se você usar o novo Cygwin Terminal baseado em Mintty , isso se aplicaria exclusivamente ao Cygwin. (Mas eu ainda recomendo que você tente primeiro o remapeamento em todo o sistema; eu coloquei Caps Lock em Scroll Lock como um fallback, mas eu raramente, ou nunca, o uso .)