Este é o primeiro resultado de pesquisa que aparece no google quando procuro "ícones do tortoisecvs win7 64". Então, embora seja um post antigo, eu queria adicionar outra solução. A resposta aceita diz para desinstalar o DropBox. Eu não tenho DropBox, mas ainda não tenho sobreposições de ícone em aplicativos de 64 bits (eu vejo as sobreposições se eu usar diálogos de arquivos em aplicativos de 32 bits).
Uma busca pelo rastreador de erros do TortoiseCVS rendeu um comentário que inclui este link: Como corrigir Ícones de estado dos ficheiros TortoiseSVN em falta no Windows
[...] navigate to: HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ShellIconOverlayIdentifiers
Export the branch as a .reg file — this will allow you to restore the old settings should anything go wrong.
You will see the Tortoise and other icon overlay identifiers as sub-branches. You can delete unnecessary icon overlay types by right-clicking a branch and selecting Delete [...]
Eu sei que diz TortoiseSVN, mas é o mesmo princípio. Há uma menção sobre como o DropBox cria sobreposições, então eu diria que esta é uma solução mais completa.
Felicidades =)