Este é um problema muito comum online e não encontrei nenhuma solução para ele no AskUbuntu ou StackOverflow e, portanto, estou postando esta resposta.
O Anaconda vem como um arquivo .sh que deve ser instalado com o seguinte comando
bash Anaconda3-4.3.1-Linux-x86_64.sh
Agora, mesmo que eu tenha feito isso antes, por algum motivo, adicionei um sudo antes desse comando, tornando a pasta anaconda3 inacessível sem permissão de root.
Portanto, o sistema de gerenciamento de pacotes conda não pôde acessar o diretório e, portanto, o problema.
Se esse problema existir, basta excluir a instância de instalação anterior com sudo rm -rf anaconda3
e reinstalar.
Obrigado ao George por seus valiosos comentários!